南开大学博物馆正式成立于2014年5月，为学校正处级直属单位。2017年，作为行业博物馆在天津市文物局完成注册备案。2020年，被认定为为天津市科普基地。现为中国博物馆协会高校博物馆专业委员副主任委员单位、天津市文物博物馆学会行业博物馆专业委员会主任委员单位和挂靠单位。

博物馆收藏有各类质地的藏品1万余件，涵盖陶瓷器、青铜器、钱币、玺印等十几个门类，不同类别的藏品图录已陆续出版。下设办公室、业务部、资料室、南开大学文博考古研究中心等机构，与南开大学历史学院共建文博考古实验教学中心、文博考古虚拟仿真实验室等具有科普功能的教学实验室。现有文物展厅和书画展厅两个常设展厅，总面积近1000㎡。其中文物展厅位于八里台校区范孙楼一层，内设“中国古代物质文化生活”专题陈列。书画展厅位于八里台校区东方艺术大楼一层，由“永明馆”“情寄南开厅”“艺文陈列室”三部分组成。津南校区新馆舍已具备入驻条件，正待搬迁。新馆展厅面积将超过2000㎡，并拥有“数字漫游空间”“文博考古虚拟仿真实验室”等数字化科普场所。

南开大学博物馆立足于服务教学、科研活动，在负责全校文物及陈列品（除教学科研用）国有资产管理工作的同时，也对是全校师生进行素质教育、对社会公众进行中华优秀传统文化宣传的重要场所。以新馆建设为契机，南开大学博物馆将进一步提升展陈质量，创新传播形式，为推动优秀传统文化资源创新性发展、创造性转化贡献南开力量。